Năm 1912, sau thỏa thuận giữa Tôn Trung Sơn và Viên Thế Khải, nhà Thanh chính thức sụp đổ với sự thoái vị của Phổ Nghi và Viên Thế Khải trở thành Đại Tổng thống Trung Hoa Dân Quốc. Một năm sau, Nghiêm Phục trở thành Cố vấn Pháp luật Ngoại giao của Phủ Tổng thống. Ngày 26 tháng 1 năm 1914, Viên Thế Khải hạ lệnh tổ chức Ước pháp Hội nghị;[lower-alpha 11] Nghiêm Phục trở thành 1 trong 60 Nghị viên được chọn.[65] Cùng năm, Nghiêm Phục trở thành Tham chính của Viện Tham chính,[lower-alpha 12] tham gia vào việc biên soạn Hiến pháp.[66]

Mặc dù Nghiêm Phục là người ủng hộ canh tân đất nước, cải cách chính trị, nhưng ông đồng thời cũng là người theo chủ nghĩa bảo hoàng và bảo thủ, tích cực ủng hộ Viên Thế Khải và Trương Huân khôi phục chế độ quân chủ. Ngày 23 tháng 8 năm 1915, theo mật lệnh của Viên Thế Khải và lời mời của Dương Độ (zh; en), Nghiêm Phục ra mặt khởi xướng thành lập Trù An hội (筹安会),[9] ủng hộ Viên Thế Khải lên ngôi hoàng đế.[67] Tuy nhiên, chính quyền riêng của Viên Thế Khải chỉ tồn tại hơn 100 ngày thì chấm dứt. Sau khi Lê Nguyên Hồng lên làm Đại Tổng thống, Quốc hội đã yêu cầu xử lý những kẻ cầm đầu ủng hộ Viên Thế Khải cũng như Trù An hội, Nghiêm Phục phải chạy về Thiên Tân lánh nạn.[68] Năm 1920, vì bệnh hen suyễn chữa trị đã lâu nhưng vẫn không có kết quả, Nghiêm Phục trở về quê hương Phúc Châu để dưỡng bệnh. Ngày 27 tháng 10 năm 1921, ông qua đời tại nhà cũ ở hẻm Lang Quan, thọ 67 tuổi.[69]